Po pogrzebie ojca Charbela miało miejsce niezwykłe zjawisko. Nad jego grobem pojawiła się niezwykła, jasna poświata, utrzymująca się przez wiele tygodni. Łuna ta spowodowała, że do grobu pustelnika zaczęły przychodzić co noc rzesze wiernych i ciekawskich. Gdy po kilku miesiącach, zaintrygowane wydarzeniami władze klasztoru dokonały ekshumacji pochówku okazało się, że ciało ojca Charbela jest w doskonałym stanie, zachowało elastyczność i temperaturę ciała osoby żyjącej oraz wydzielało ciecz określaną przez świadków jako pot i krew. Po umyciu i przebraniu zwłoki zostały złożone w drewnianej trumnie i umieszczone w klasztornej kaplicy. Mimo usunięcia wnętrzności i osuszenia z ciała zmarłego dalej sączyła się substancja, która została uznana za relikwię.
Szybko zaczął rozwijać się kult zakonnika. Do klasztoru w miejscowości Annaja zaczęły przybywać tłumy pielgrzymów z Bliskiego Wschodu. Miały też miejsce liczne uzdrowienia związane z niezwykłą cieczą sącząca się z ciała zmarłego.
W 1926 r. Kościół maronicki rozpoczął starania w Rzymie o uznanie Charbela Makhloufa błogosławionym Kościoła katolickiego. W 1927 r. mumia zakonnika została drobiazgowo zbadana przez komisję kościelną, na której czele stali dwaj lekarze z Francuskiego Instytutu Medycyny w Bejrucie. Następnie złożono ją do nowej metalowej trumny, którą zamurowano w grobowcu w niszy kaplicy.
W 1950 r. miało miejsce kolejne niezwykłe zjawisko związane z ojcem Charbelem Makhloufem. Pielgrzymi odkryli bowiem, że z kamiennego grobowca znowu zaczęła sączyć się lepka ciecz, z którą spotkali się świadkowie ekshumacji zwłok sprzed kilkudziesięciu lat. 22 kwietnia 1950 r. komisja kościelna otworzyła trumnę i odkryła, że ciało ojca Charbela jest w doskonałym stanie, zachowało elastyczność i temperaturę ciała osoby żyjącej. Znaleziono także dobrze zachowany humerał, na którym odciśnięta była twarz zmarłego.
05 grudnia 1965 r., na zakończenie Soboru Watykańskiego II, papież Paweł VI ogłosił ojca Charbela Makhloufa błogosławionym. Po tym czasie ponownie zamknięto grobowiec zakonnika.
09 października 1977 r. w Watykanie papież Paweł VI kanonizował ojca Charbela. Do dziś grób świętego w Annaja jest celem licznych pielgrzymek z całego świata.
W 2009 r. powstał libański film fabularny „Charbel” (reż. Nabil Lebbos) o życiu świętego. W 2012 r. ksiądz Jarosław Cielecki nakręcił film pt. „Liban, Ziemia Świętych”, traktujący o libańskich świętych, również o św. Charbelu.
